Los hermanos Alphonse y Edward Elric son dos alquimistas que deciden saltarse las normas impuestas al intentar resucitar a su padre mediante la transmutación humana, arte capaz de recomponer un cuerpo desde cero e integrar el alma del difunto u otra artificial.
Pero la alquimia no es gratuita, para conseguir un fin hay que dar algo a cambio del mismo valor perdiendo por desconocimiento el cuerpo de Alphonse y la pierna de Edward. Ed pierde su brazo derecho para recuperar el alma de Alphonse en el proceso desesperadamente.
Edward, mediante Automail sustituye sus miembros perdidos y emprende un viaje con la única misión de recuperar sus estados originales, entrando a formar parte del ejercito llegando Alquimista nacional para poder moverse más libremente en busca de la Piedra Filosofal.