En la Era Bakumatsu, el gobierno Tokugawa empieza mostrar signos de debilidad.
En un ambiente en el que la Oscuridad se hace latente y los monstruos son especialmente temidos, un escritor llamado Yamaoka Hyakusuke se dedica a vagar por países para publicar su libro Hyaky Monogatari. Su búsqueda le llevará hasta el encuentro con distintos criminales miembros de una organización del crimen secreta que soluciona casos y los entierra para siempre en la oscuridad.