El Doctor Kenzo Kabuto fue el creador de Gran Mazinger. Tras un accidente fue resucitado por su hermano, el Doctor Justo Kabuto como semi humano (mitad robot y mitad humano). Kenzo Kabuto decide ampliar sus conocimientos científicos creando una aleación mejor que la que compone a la Z. Un nuevo robo sobre las bases de Mazinger Z ha nacido.

Esta vez tendrá que hacer frente al Imperio de Mokaina, un pueblo ancestral que adaptaron sus cuerpos a máquinas de combate y quieren conquistar el mundo.