Escuela de brujas se compone de una historia inicial compuesta de 6 OVAs y una serie de televisión a modo de continuación de la historia finalizada en los OVAs.
En la primera parte de la serie se cuenta como la tierra es invadida por una nave alienígena a la que no puede hacer frente el ejercito. Cuando todos los esfuerzos son inútiles, un grupo de estudiantes de magia (El Club de los Usuarios Mágicos) cree que podrán solucionar el problema usando la magia.
En la serie de televisión, tras los sucesos de las OVAs, queda un árbol gigante que está ocultando la luz de la ciudad. Una vez más emplearán sus dotes mágicas para intentar solucionar el problema.