Boogiepop Phantom es un anime envuelto en un halo de misterio, terror e intriga que se mantiene hasta el último episodio.
Una noche, una columna de luz aparece en la mitad de la ciudad. Esta luz de origen desconocido provoca que algunos jóvenes posean poderes paranormales. Al mismo tiempo, algunos estudiantes desparecen misteriosamente.

Boogiepop es conocida como el fantasma de la muerte, una misteriosa chica con una capa decorada por el símbolo del Jing y el Jang. Capítulo a capítulo nos contará diferentes historias con distintos personajes que giran en torno a una trama común.