Genjuu, un poderoso y misterioso enemigo apareció en el cielo hace 50 años. La humanidad corre grave peligro tras su ataque a los humanos, por su parte, los humanos se defienden en sangrientas batallas.

El gobierno de Japón selecciona un grupo de jóvenes y los envía a la lucha. Atsushi Hayami es uno de estos jóvenes, ahora miembro de la Unidad 5121 pilotará una máquina HTW para hacer frente a Genjuu.