Un ladrón llamado Tetsuro Hoshino tiene una gran ambición en la vida: Conseguir por cualquier medio la cantidad de dinero suficiente como para montar el Galaxy Express. Tetsuro es huérfano de madre tras ser asesinada y su objetivo es vengar su muerte eliminando al asesino de su madre: Count Mecha.
Para lograr su objetivo necesitará un cuerpo metálico con el que poder hacerle frente. A bordo de Galaxy Express 999 se dirige a otro planeta para conseguirlo.