Kazuki Muto es un estudiante de instituto asesinado al salvar de las garras de un gran monstruo a una chica vestida con un uniforme desconocido. En ese momento Kazuko Muto despierta de su pesadilla… pensado que sólo fue un sueño, Kazuki continua su vida normal hasta que descubre lo que ocurrió realmente: Kakugane, la chica del uniforme lo reenvió de vuelta reconstruyendo su corazón mediante un artefacto con poderes basados en la alquimia. Tras descubrirlo Kazuki se inicia en la alquimia y duda entre olvidarlo todo o centrar su vida en la lucha contra unos seres que se alimentan de humanos llamados homúnculos.