La serie es una historia alternativa basada en el OVA y los juegos Triangle Heart.

Nanoha es la hermana pequeña de Kyoya y Miyuki. Estudia tercer grado de primaria. Sus padres regentan una cafetería mientras los hermanos estudian en el instituto o en la universidad.

Todo cambia cuando una voz llama a Nanoha mientras regresa a casa. Nanoha rescata a un hurón herido que en realidad es la forma animal de un niño arqueólogo venido de otro mundo. El chico le da un cristal mágico (Raising Heart) que otorga a Nanoha poderes mágicos. Junto emprenderán la búsqueda de las 21 Jewel Seeds, los cristales de poder capaces de cumplir deseos y que no deben caer en manos indeseadas.