Allen Walker es un exorcista a finales del siglo diecinueve. Pertenece a la orden oscura que opera en la clandestinidad a las ordenes del Vaticano.
La orden oscura tiene una importante misión, aniquilar al espíritu necrófago maligno (el Conde milenario) que pretende aniquilar a la humanidad mediante el uso de sus armas Akuma.
Para derrotar al Conde Milenario tendrán que valerse de los 109 trozos de Inocencia diseminados por todo el planeta, cada fragmento de Inocencia posee un poder y mora en un solo ser, cada fragmento es un arma poderosa para luchar contra el Conde Milenario y sus secuaces.