La historia comienza en el país de Clow, donde Syaoran vuelve tras investigar las ruinas que están en el desierto de dicho país. En su casa, Sakura, su amiga de la infancia y princesa del reino, le hace una visita sorpresa, y cuando ésta le quiere expresar sus sentimientos a él, se tiene que marchar al castillo, aunque le promete que se lo dirá el próximo día. Sakura ve cosas raras por la noche, en el balcón de su cuarto, sintiéndose atraída por las ruinas.
Al día siguiente, dentro de las ruinas, Sakura visita a Syaoran y ésta, al tocar un emblema extraño del suelo, pierde unas plumas, que son los recuerdos y el alma de ella. También aparecen unos guerreros que nunca habían visto por allí, todo ello planeado en secreto por el mago Fei Wong Reed. El sacerdote del reino, Yukito, decide enviar a Syaoran junto a Sakura a otro mundo, donde habita la bruja de la dimensión.
Aparte de él, otros dos personajes en distintos mundos se transportan allí: Kurogane, de Japón, en contra de su voluntad, ya que la princesa Tomoyo quiere que descubra el verdadero significado de la fuerza ; y Fay D. Flourite, un mago del país de Celes, que decide escapar de su reino por temor a que se levante su rey, el rey Ashura.
Los tres aparecen en casa de Yuuko Ichihara, conocida también como "La bruja de la dimensión" y, a cambio del tatuaje de la espalda de Fay, la espada más valiosa: "El dragón de oro" de Kurogane, y la relación que tiene con Sakura Syaoran, les da un animal extraño de color blanco llamado Mokona Modoki, que tiene el poder de viajar por todos los mundos, para ir recuperando las plumas perdidas de Sakura, aunque con la salvedad de que nunca sabe cual es el próximo mundo al que les transportará.