La historia comienza cuando Mai Minase, una estudiante de Tokio, es ingresada inconsciente en el Hospital de la zona de Ishikawa junto con su novio, Kasumi Tomonari. Kasumi cae en coma, y Mai no recuerda nada de lo ocurrido antes de desmayarse, solo que estaba jugando a un juego de ordenador que Kasumi le había enseñado ese mismo día. Algunos días después de lo ocurrido, un individuo llamado Tokuoka Junichiro se presenta a Mai, diciendo que cree saber lo ocurrido con Kasumi, pero que necesitará su ayuda. Aunque en un principio no Mai no confía para nada en Tokuoka por consejo de su Makino, que además de ser el mejor amigo de Kasumi fue quien encontró a Mai y Kasumi en la caseta club de los dos, Mai acaba fiándose de Tokuoka, que en un principio pretende recrear lo que ocurrió en The World el día que Mai y Kasumi se introdujeron. Para ello entran en la caseta club de Kasumi y Makino, pero al recrear aquel día, con los mismos personajes y el mismo lugar del juego, Tokuoka está a punto de caer en coma, pero Mai le salva.

Tras lo ocurrido, Tokuoka decide contactar con dos jugadores de The World que conocían a Kasumi por el Juego, Yuki Aihara y Kyoko Tohno, para que le ayuden a descubrir lo que ocurre en The World, ya que además de Kasumi, están cayendo en coma mas personas, todas ellas mientras jugaban al juego. Inesperadamente, y el día en que Tokuoka iba a quedar con Yuki para hablar del asunto de The World, el virus Pluton Kiss aparece, provocando una crisis en la red de magnitudes catastróficas. Al final, y con la ayuda de un individuo llamado Ichiro Sato, el cual sabe mucho sobre The World y la CC Corporation, logran introducirse en la sede de la compañía para resolver el problema, el cual parece estar relacionado con el Epitaph of Twilight, un hecho que al parecer cambiaría The World para siempre.