Han pasado cuatro años desde el incidente del crepusculo. The World ha vuelto a la normalidad gracias a los .Hackers los cuales se han vuelto una leyenda aunque en el fondo casi nadie sabe nada de ellos ni que hicieron. Shugo y Rena, dos hermanos gemelos, han ganado un concurso de la compañaia CC que consiste en los diseños de los jugadores Kite y BlackRose, los que hicieron el grupo de .Hackers. Al haberse separado sus padres y ellos tambien, Rena cree que es una buena oportunidad jugar en The World para estar juntos asi que mete a Shugo aunque sin gustarle mucho. Enseñandole a jugar en un area de principiantes, aparece misteriosamente un monstruo de alto nivel que mata a Shugo y esto hace que aparezca en un area desconocida con una misteriosa chica de pelo blanco llamada Aura que le da un brazalete especial que puede cambiar los datos de los monstruos y es asi, elegido para solucionar un nuevo misterio en The World.