Los Zoids son maquinas-bestias usadas normalmente para transporte y especialmente para la guerra. Algunos tipos de Zoids, conocidos como Organoides, son Zoids en miniatura y a su vez son organismos vivos. Esos Organoides tienen la capacidad de fusionarse con los Zoids normales y hacerlos mas poderosos.

Van Freiheit descubre un Organodie en un laboratorio abandonado mientras huye de dos Zoids. También hay en el laboratorio un tubo con una extraña chica en animación suspendida. Él rompe el tubo y se lleva consigo a ambos, la chica y el Organoide. Cerca de la salida encuentran un Zoids estropeado y sucio, el Organoide se fusiona con el y repara los daños. Mientras escapan Van llama al Organoide Zeke y dedice ser su amigo. La chica, que se llama Fine, quiere encontrar un lugar llamado Zoids Eve y asi Van, Zeke y Fine comienzan su aventura.