Siguiendo la historia de Final Fantasy V, el planeta R vive en la abundancia de una maravillosa naturaleza y un no menos maravilloso océano. Mantienen una próspera existencia gracias al cristal mágico que domina los cuatro elementos (agua, fuego, tierra y viento).
Atrás queda la lucha contra un oscuro poder para proteger los cristales sagrados, la mayoría de las personas han olvidado esta historia sucedida hace 200 años hasta la fecha: Muertiunos, el Dios del odio y del olvido a regresado…