La era Meiji ha comenzado hace 10 años, uno de sus los luchadores Samurais que participaron del cambio intenta encontrar una nueva vida al margen de su pasado en la ciudad de Tokio. Kenshin era el mejor asesino de la dinastía Edo, renegando de su pasado ha jurado no matar nunca más.

La era Meiji se encuentra amenazada por Shishio Makoto, el que era llamado a ser sucesor de Hitokiri Battousai que desapareció misteriosamente al terminar la era Edo. Shishio y su Juppon Gatana están armando una revolución para poner fin a la influencia occidental en Japón.