La trama de la historia se centra en Morimiya Yorito, un joven de 15 años que vive obsesionado con el cielo, sin importar bajo qué condiciones se encuentre el mismo, pues cree que su vista es maravillosa y constantemente anda tomando fotos del cielo desde el techo de su instituto, razón por la cual casi siempre falta a clases.

Yorito es amigo de Ishizuki Mana, una chica de su misma edad y compañera de clase. Se llevan bien desde que Yorito se mudó junto a su hermana, Aono Morimiya, a la ciudad. Misteriosamente los hermanos Morimiya no tienen padres, y Aono vive en el hospital por fallas en su salud.

Gracias a su obsesión por el cielo y por el cumpleaños de su hermana en la que ella desea una foto del cielo de madrugada, Yorito sale a fotografear el firmamento muy temprano en la mañana. Una vez instalado, a sus espaldas distingue la figura de una chica con un paraguas intentando sacar un "tomate shiruko" (Caldo dulce de tomates japonés) de un dispensador dañado. Es ahí donde Yorito conoce a Matsuri, una chica hermosa de un lindo carácter pero con secretos que poco a poco se irá descubriendo a través de la serie.