Unas gigantescas máquinas de guerra muy poderosas (Ángeles) reaparecen por segunda vez en la ciudad de Tokio. La humanidad sólo tiene una esperanza, emplear Evangelion, una máquina de combate muy poderosa creada por una agencia especial de la ONU (NERV).

Evangelion es un arma de combate muy poderosa pero sólo unos pocos adolescentes nacidos en el año 2001 tienen la capacidad de pilotarlo, desarrollando esta capacidad nueve meses después de la aparición del primer Ángel. Estos jóvenes deberán hacer frente a los Ángeles además de con su capacidad física con su interior para obtener fuerza, coraje y valor para poder sobrevivir.